識別那些遙控基因表達的時空模式的非編碼DNA序列并不簡單 。一個有用的線索是演化序列的保持 。對人類基因組中167個非編碼序列（通過與河豚魚、大鼠和小鼠基因組進行對比，發現它們在演化過程中保持程度極高）所做的一項活體分析研究，識別出了75個以前人們不知道的具有組織特定性的增強因子 。這些增強因子在形成后第11天的胚胎中是活躍的，它們中多數將表達引向正在發育的神經系統 。這一方法的成功表明，在人類和河豚魚之間保持下來的另外5500個非編碼序列也許還能產生另一批新的基因增強因子 。
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